Analyse phylogénétique et évolutive

ape est un logiciel écrit dans le langage R destiné à l'analyse phylogénétique et évolutive. Il est utilisé de façon significative au sein de la communauté des biologistes de l'évolution pour l'analyse des données ainsi que comme cadre de développement de nouvelles méthodes. Depuis 2003, ape a été cité plus de 5000 fois dans la littérature scientifique, et plus de 200 logiciels écrits en R (packages) et qui dépendent de ape ont été publiés sur le CRAN.

Pour en savoir sur ape, veuillez visiter les pages de ce site.

pegas est un logiciel pour les analyses de génétique des populations et évolutive ; il est un compagnon de ape. Pour en savoir plus sur pegas, veuillez visiter sa page sur ce site.

coalescentMCMC est un nouveau logiciel pour les analyses de coalescence. Depuis la version 0.4, ce package a été considérablement amélioré. Plusieurs modèles temporels de Θ sont disponibles et peuvent être comparés par leur vraisemblance ou des critères d'information (AIC, BIC, DIC). Les chaînes de Markov sont simulées de façon très flexible, successivement, en parallèle ou en interaction. Les résultats sont analysés avec le package coda. Toutes les analyses (préparation des données, simulation des chaînes, diagnostiques de convergence, estimation des paramètres, comparaison des modèles, ...) sont faites dans le même environnement. Les temps de calcul sont relativement courts. Le package inclut deux vignettes qui donnent des détails expliquant comment faire de telles analyses.

phylobench est un logiciel pour les tests de performance (phylogenetic benchmarking). Il est distribué via GitHub.

psmcr est la version R de psmc, le programme pour le Pairwise Sequential Markovian Coalescent (PSMC). Il est distribué via GitHub.